კონსერვატორიის საეკლესიო მუსიკის მიმართულება ჩამოყალიბდა 2007 წელს. მის ჩამოყალიბებას წინ უძღოდა 80-იანი წლების ბოლოს კონსერვატორიის  პროფესორ-მასწავლებელთა და  სტუდენტთა მხრიდან ძველი პროფესიული მუსიკის კვლევისა და მისი საღვთისმსახურო პრაქტიკაში დაბრუნების მცდელობა. 1991 წელს კონსერვატორიან გამოსცა ძველი ქართული პროფესიული მუსიკის ისტორიისა და თეორიის საკითხებისადმი მიძღნილი სამეცნიერო შრომების პირველი კრებული. 1999 წელს, სამეცნიერო დარგში კონსერვატორიის პრორექტორის  პროფ. რუსუდან წურწუმიას ინიციატივით, კონსერვატორიის ხალხური შემოქმედების კათედრაზე ჩამოყალიბდა სასულიერო მუსიკის კვლევის ჯგუფი, რომელიც აერთიანებდა   მუსიკის თეორიის, მუსიკის ისტორიისა და ქართული ხალხური მუსიკალური შემოქმედების კათედრის ამ თემით დაინტერესებულ  წევრებს, ლაბორანტებსა და სპეციალისტებს. ჯგუფის ხელმძღვანელობა დაევალა მუსიკის თეორიის კათედრის წევრს, პროფესორ მანანა ანდრიაძეს.

2008 წლიდან   საეკლესიო მუსიკის მიმართულება მუსიკის თეორიის ფაკულტეტის დამოუკიდებელ ერთეულად გამოიყო. 2008-2012 წლებში მიმართულებას სათავეში ედგა პროფ. მანანა ანდრიაძე. ამ პერიოდში მიმართულებაზე მომზადდა საბაკალავრო, სამაგისტრო და სადოქტორო სამუსიკისმცოდნეო ნაშრომები, რომლებიც მიეძღვნა ქართული საეკლესიო საგალობლის მუსიკალურ-ლიტურგიკული ასპექტებით შესწავლას, ქართული საეკლესიო გალობის ისტორიას, საგალობელთა ჟანრულ, რვა ხმის, ნევმური დამწერლობის სისტემებისა და მუსიკალური ენის კანონზომიერებათა კვლევას.

2013 წლიდან მიმართულებას ხელმძღვანელობს ასოც. პროფესორი თამარ ჩხეიძე. 2012 წლიდან მიმართულება ყოველწლიურად ორგანიზებას უწევს საშობაო სიმღერა-გალობისადმი მიძღვნილ კონცერტს, სადაც მონაწილობენ  მგალობელ-მომღერალთა ანსამბლები თბილისიდან და საქართველოს სხვადასხვა რეგიონებიდან (პროექტის ავტორი ეკატერინე ყაზარაშვილი). 2014 წელს მიმართულებაზე ჩამოყალიბდა სტუდენტ-მგალობელთა გუნდი (ხელმძღვანელი სპეც. ეკატერინე ყაზარაშვილი), რომელიც აფართოებსკონსერვატორიის გალობით დაინტერესებულ სტუდენტთა წრეს    და მონაწილეობს ქართული სიმღერა-გალობისადმი მიძღვნილ კონცერტებსა და ღონისძიებებში.

2014 წლიდან, საეკლესიო მუსიკის მიმართულება,   მუსიკის თეორიის კათედრასთან ერთად, ყოველწლიურად ორგანიზებას უწევს სამეცნიერო კონფერენციას „საეკლესიო და თეორიული მუსიკისმცოდნეობის აქტუალური პრობლემები“, რომელიც ეძღვნება საეკლესიო მუსიკის  მიმართულების დამფუძნებლის, პირველი ხელმძღვანელის, პროფესორის – მანანა ანდრიაძის ხსოვნას.  ამავე კონფერენციაზე ტრადიციად იქცა საეკლესიო მუსიკის სპეციალობით, წლის წარჩინებული სტუდენტისათვის მანანა ანდრიაძის სახელობის პრემიის გადაცემა, რომელიც მ. ანდრიაძის ოჯახმა დააწესა.

საეკლესიო მუსიკის მიმართულება ინტენსიურად თანამშრომლობს გიორგი მთაწმინდელის სახ. საეკლესიო გალობის უმაღლესი სასწავლებელთან, ახორცილებს ერთობლივ სასწავლო და შემოქმედებით პროექტებს. საეკლესიო მუსიკის მიმართულების სტუდენტთა და პროფესორ-მასწავლებელთა შემოქმედებით და სამეცნიერო მოღვაწეობის ხელშეწყობაში აქტიურადაა ჩართული ფონდი „ქართული გალობა“. საეკლესიო მუსიკის მიმართულების სტუდენტთათვის დაწესებული აქვს სტიპენდიები, წამახალისებელი ჯილდოები, კონკურსები და მხარდაჭერას  უწევს საეკელსიო გალობისადმი მიძღვნილ სამეცნიერო და შემოქმედებით პროექტებს.

საეკლესიო მუსიკის მიმართულება ახორციელებს მუსიკოლოგიის სამაგისტრო პროგრამას  სპეციალობით – საეკლესიო მუსიკოლოგია.  სასწავლო პროგრამა ორწლიანია და მისი მიზანია საეკლესიო მუსიკის სპეციალობით მუსიკისმცოდნე-მკვლევრის აღზრდა. მიმართულება, ასევე, ახორციელებს სადოქტორო პროგრამას.

საეკლესიო მიმართულების წევრი პროფესორები და სპეციალისტები ინტენსიურად მუშაობენ ქართული საეკლესიო გალობის აქტუალურ საკითხებზე, მონაწილეობენ საერთაშორისო სამეცნიერო სიმპოზიუმებსა და ადგილობრივ სამუსიკისმცოდნეო კონფერენციებში, აქვეყნებენ შრომებს კონსერვატორიისა და სხვა ადგილობრივ, თუ უცხოურ გამოცემებში.